9월27일 운행을 시작하는 목포~보성선의 해남역 열차 시간표가 공개됐다. 현재 운행되는 기차는 새마을호와 무궁화호로, 상행과 하행 각 5회 정차한다.
목포에서 순천·부전 방면으로 향하는 상행 열차는 해남역에 오전 8시33분(새마을호 1088편), 낮 12시2분(무궁화호 1962편), 오후 3시24분(무궁화호 1952편), 오후 3시42분(새마을호 2525편), 오후 5시56분(무궁화호 1964편)에 각각 멈춘다. 
반대로 부전에서 목포로 향하는 하행 열차는 오전 9시23분(무궁화호 1961편), 오후 12시01분(무궁화호 1963편), 오후 12시27분(새마을호 2525편), 오후 4시07분(무궁화호 1951편), 오후 7시16분(새마을호 1087편)에 해남역에 정차한다. 
9월17일 현재 철도청 예약 홈페이지에는 관련 구간의 온라인 예매가 불가해, 실제 탑승을 위해서는 현장 발권 또는 추후 공지 개시를 기다려야 한다. 이번 노선은 KTX 등 고속철이 아닌 기존선 기반의 새마을·무궁화로만 운영돼 소요 시간 차이가 크지 않다. 목포에서 해남까지는 약 30분, 종착역인 부전까지는 약 4~5시간이 소요된다.
또한 해남군은 역 접근성을 높이기 위해 연계 버스 노선을 조율 중이다. 시범운행 안에는 첫차 도착 시간에 맞춰 해남터미널에서 출발하는 버스가 포함돼 있으나, 배차 간격과 노선 세부 조정이 필요한 상황이다. 
해남교통 관계자는 “해남터미널과 해남역을 오가는 버스 노선을 계획중이다”며 “해남터미널에서 기차역까지 30분 정도가 소요되기 때문에 넉넉하게 40~50분 전에 출발을 목표로 구간을 정리중이다”고 말했다.
해남역 열차 운행이 본격화되면 서남해안권의 교통지형이 달라질 전망이다. 관광객뿐 아니라 농수산물 물류 수송에도 긍정적 효과가 예상된다. 철도와 버스의 연계가 원활히 이뤄질 경우, 도로에 의존해온 기존 교통환경이 개선돼 주민들의 이동권 확대와 관광 활성화가 동시에 이뤄질 것으로 보인다.